En cas d’arrêt maladie, un auto-entrepreneur (ou micro-entrepreneur) bénéficie d’une couverture sociale. Cependant, les prestations de l’Assurance Maladie sont versées sous certaines conditions, notamment en fonction du revenu annuel déclaré (Raam). En tant qu’auto-entrepreneur, qu’allez-vous percevoir véritablement si vous tombez malade ?
Auto-entrepreneur, quelle couverture en cas de maladie ?
La couverture maladie des auto-entrepreneurs donne droit à :
- Une prise en charge des soins courants identique à celle du régime salarié : remboursement des consultations chez les professionnels de santé, des médicaments et autres prescriptions sur ordonnance, frais d’hospitalisation, etc. Par exemple, pour une consultation chez son médecin traitant (conventionné secteur 1) à 30 € (base de remboursement 2025), vous recevez un remboursement de 19€ .
- Des versements d’indemnités journalières (IJ) en cas de maladie après 12 mois d’affiliation de l’activité en micro au régime de la Sécurité Sociale.
Quelle rémunération des auto-entrepreneurs en arrêt maladie ?
Désormais, les auto-entrepreneurs (artisans, commerçants, professions libérales règlementées ou non-règlementées) peuvent toucher des indemnités journalières après 12 mois d’affiliation à condition de dégager un revenu d’activité annuel moyen (Raam) supérieur à 4 383,20 € (en 2025) de revenus sur les trois années précédentes.
Attention à ne pas confondre, il est ici question de revenu et non de chiffre d’affaires. Pour déterminer le revenu professionnel d’un auto-entrepreneur, il faut appliquer un abattement forfaitaire de :
- 71 % pour une activité de vente de marchandises,
- 50 % pour de la prestation de services (relevant des BIC),
- 34 % pour les professionnels libéraux (BNC).
⚠️ Avant le versement des indemnités journalières, un délai de carence de 3 jours s’applique. Vous commencez à toucher vos indemnités journalières à partir du 4e jour d’arrêt.
Comment sont calculés les montants des indemnités journalières des auto-entrepreneurs ?
L’indemnité journalière que vous recevrez pendant votre arrêt de travail est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen (Raam).
Ce Raam s’obtient grâce à la moyenne de vos trois derniers revenus annuels. Il est pris en compte dans la limite du plafond annuel de la sécurité sociale (Pass) soit 47 100 € bruts. Ainsi, même si votre revenu d’activité annuel moyen est supérieur à 47 100 €, votre indemnité journalière ne pourra pas dépasser les 64,52 € bruts en 2025.
Et si votre revenu moyen est en dessous du seuil attendu par l’Assurance Maladie, que se passe-t-il ? Dans ce cas, l’indemnité journalière perçue par le micro-entrepreneur peut être nulle ou très faible. Depuis 2022, il est possible de demander à toucher des indemnités journalières pour maladie au titre d’une ancienne activité.
Les indemnités sont versées tous les 14 jours. Vous pourrez suivre le détail du versement de vos allocations via votre compte ameli.
Comment remplir et envoyer son arrêt de travail en tant que travailleur indépendant ?
Un arrêt maladie intervient toujours à la suite d’un rendez-vous médical. Seul un médecin peut constater votre incapacité temporaire à travailler. Si c’est le cas, il remplit un formulaire comprenant plusieurs volets pour signifier l’arrêt de travail. Les deux premiers volets sont à envoyer à votre CPAM (le médecin peut les télétransmettre directement désormais) et le troisième est à conserver (ou à envoyer à France Travail si vous touchez des allocations). Les travailleurs salariés transmettent le troisième volet à leur employeur.
⚠️Vous devez informer de votre arrêt de travail rapidement, précisément dans les 48h suivant la décision.
Quelles bonnes pratiques pour un travailleur en micro-entreprise en arrêt maladie ?
Lorsqu’on travaille comme indépendant, il est souvent difficile d’imaginer interrompre complètement son activité. Pourtant, afin de prétendre à des indemnités journalières, l’Assurance Maladie stipule que vous devez bien cesser toute activité professionnelle.
Si vous êtes en capacité de le faire, communiquez rapidement avec vos clients sur votre situation et votre période de pause. En effet, ceux-ci auront sans doute besoin de revoir leur organisation. En cas d’arrêt de travail long, peut-être pouvez-vous les diriger vers un confrère ? Et dès que vous envisagez une date de reprise, faites leur en part. Votre transparence sera fortement appréciée.
Enfin, reposez-vous, suivez les recommandations des professionnels de santé, et ainsi, vous reprendrez le chemin du bureau en pleine forme !
Cas particulier : auto-entrepreneur et salarié, quels droits s’appliquent ?
Pour un salarié exerçant une activité d’auto-entrepreneur à titre complémentaire, la CPAM base son calcul d’indemnités journalières uniquement sur les revenus salariés, sans prendre en compte ceux de la micro-entreprise.
Pour un arrêt inférieur à 6 mois, le salarié doit cependant justifier de 150 heures de travail sur les 90 jours précédant l’arrêt. Au-delà de 6 mois d’arrêt, 600 heures sur l’année sont demandées pour bénéficier d’une protection sociale.
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Le conseil de nos experts comptables au sujet de la couverture maladie des auto-entrepreneurs
Si votre activité en auto-entrepreneur est votre seule activité et que vous n’avez pas d’autres revenus par ailleurs (salariés, pension de retraite ou allocations étudiantes), vous devez envisager rapidement de compléter votre couverture maladie en auto-entrepreneur avec une complémentaire santé et envisager un contrat de prévoyance.
Certaines assurances proposent d’ailleurs des tarifs adaptés aux indépendants qui démarrent tout juste leur activité, comparez les offres et faites jouer la concurrence.
À noter : tous les seuils évoqués dans l’article peuvent évoluer chaque année.
>>Vous cherchez à sortir du régime micro-entrepreneur ? Discutez-en avec l’un de nos conseillers.
FAQ Auto-entrepreneur et arrêt maladie
Les créatrices d’entreprises bénéficient d’une protection sociale pendant leur grossesse composée d’indemnités journalières pendant l’interruption d’activité d’auto-entrepreneur (arrêt de travail) et d’une allocation forfaitaire de repos maternel. Pour y avoir droit, la future mère doit être affiliée depuis 6 mois (par rapport à la date prévue de la naissance) à la Sécurité sociale au titre d’une activité non-salariée et doit envoyer sa déclaration de grossesse avant la fin du premier trimestre.
La durée standard du congé maternité est de 16 semaines, réparties entre 6 semaines prénatales et 10 semaines postnatales. Le montant des indemnités varie selon les revenus des trois dernières années. Un revenu annuel moyen supérieur à 4 383,20 € permet d’accéder aux prestations complètes. Un doute ? L’Assurance Maladie propose un simulateur en ligne pour estimer précisément vos indemnités.
>> Et si vous souhaitez prolonger votre congé maternité en congé parental, quelles options s’offrent à vous ?
Les pères auto-entrepreneurs peuvent bénéficier d’un congé paternité de 25 jours pour une naissance simple ou de 32 jours pour des naissances multiples. Ce congé peut être pris en deux fois : une première partie obligatoire de 7 jours consécutifs, suivie d’une seconde phase flexible à prendre dans les 6 mois. Pour y avoir droit, une affiliation minimale de 6 mois à la Sécurité sociale est requise. Durant la période de congé, l’exercice de toute activité professionnelle est strictement interdit sous peine de suspension des allocations.
Si vous êtes touché par une affection longue durée (ALD), la durée maximale d’indemnisation s’étend jusqu’à 3 ans, contre 360 jours pour une maladie classique et le délai de carence peut être supprimé dans certains cas.
Depuis le 1er janvier 2020, tous les auto-entrepreneurs sont rattachés à l’Assurance Maladie pour la gestion de leurs arrêts maladie. Le RSI (Régime Social des Indépendants) n’existe plus : il a été progressivement intégré au régime général de la Sécurité sociale.
La CPAM de votre région est votre unique interlocuteur pour le traitement de vos arrêts maladie et le versement de vos indemnités journalières
Vous n’avez pas à envoyer votre arrêt maladie à l’Urssaf. En revanche, pendant votre période d’inactivité pour maladie, vous devez continuer de réaliser vos déclarations mensuelles ou trimestrielles de chiffre d’affaires, même si celui-ci est nul, à l’organisme.
Contrairement aux autres travailleurs, les travailleurs sous le régime de la micro-entreprise n’ont pas à déclarer leurs indemnités journalières pour cause de maladie aux impôts.
Article publié initialement le 15 février 2023
