Lorsqu'une JEI ne respecte pas le seuil des 15% (montant des dépenses de recherche et développement / total des dépenses fiscalement déductibles) les conséquences sont les suivantes : elle perd son statut JEI.
Elle ne bénéficie plus des exonérations fiscales. Elle doit annuler les exonérations de charges sociales JEI appliquées sur les rémunérations des chercheurs. Elle doit donc verser les compléments de cotisations correspondantes aux organismes sociaux.
La régularisation suite au dépassement peut se faire lors de l'établissement du bilan de la JEI (après la clôture de ses comptes). Elle peut se faire également en cours d'année, si la JEI anticipe sur le non respect du seuil de 15% et sait qu'elle va perdre son statut JEI.
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